segunda-feira, 29 de março de 2010

Resumo e Lista de Programas de Análises Genéticas

Esta é uma lista de programas de análises genéticas que estou utilizando ou testando. Pretendo, espero que em breve, fazer uma análise maior de cada programa quando explicar os principais passos de utilização dos mesmos. Tenho dado preferências aos programas nativos para Linux, que na sua maioria são multiplataforma, ou seja, rodam em Linux, Windows e Mac. Utilizo também programas que são escritos apenas para Windows, mas rodam bem no Wine que é um interpretador (não é um emulador) de programas para executáveis do Windows. Uma vantagem interessante do Linux sobre o Windows é o fato de se economizar memória RAM e processador durante as análises rodando-as apenas pelo Shell, sem modo gráfico, o que representa redução do tempo total de análise. Claro que os programas rodando via Wine não poderão ser utilizados dessa maneira. Os programas utilizados são:

Para alinhamento de sequências de DNA e proteínas:

ClustalW2 e ClustalX2

O programa ClustalW2 realiza alinhamento par a par e múltiplo de sequências de DNA e proteínas. O ClustalX2 é apenas a interface gráfica do ClustalW2. Permite vários formatos de saída incluindo o formato NEXUS, Phylip, Aln (padrão), FASTA etc. A versão disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10 são antigos e preferi instalar através de pacotes baixados direto do site.


Para edição das sequências de DNA e proteínas:

BioEdit (rodando via Wine) – É um pacote de programas (reunião de vários programas em uma única interface) que permite realizar alinhamento par-a-par (pairwise) ou múltiplo, edição das sequências, desenho de primers (oligonucleotídeos iniciadores), complemento reverso, dentre várias outras funções. Estou utilizando o mesmo principalmente para edição. Uma opção para esse programa no Linux é o pacote SeaView (disponível nos respositórios do Ubuntu 9.10).

Para Análise Filogenética:

Phylip 3.05 – Pacote de programas que realiza análises filogenéticas utilizando métodos baseados em distância, Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança. Não possui interface gráfica, mas é muito intuitivo. Essa versão está disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10.

PAUP* 4.10b (via Wine) – Programa muito utilizado para análises filogenéticas. É um programa pago (em torno de 100 dólares). Tem dezenas de opções. Possui um interface gráfica, mas praticamente todos as funções são realizadas via linha de comando ou automatizado via o PAUP Block (bloco dentro do arquivo Nexus). Funcionou sem problemas via Wine.

MEGA 4.1 (via Wine) – Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Pacote de programas que realiza diversas funções desde alinhamento, edição até análise filogenética utilizando métodos baseados em distância e Máxima Parcimônia.

Para Genética de Populações:

GenePop – Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.

Para análise de polimorfismos de DNA e proteínas (diversidade genética):

DnaSP5 (via Wine) - Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.

Arlequin 3.1 (via Wine) - Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.


Para visualização de árvores filogenéticas:

TreeView – Não há muito o que se dizer sobre esse programa. Visualiza árvores filogenéticas produzidas por diversos programas. Permite salvar a árvore como figura .svg. Disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10.

Os links para os sites de cada programa foram verificados até a data dessa postagem. Lembrando que os usuários do Ubuntu devem procurar primeiro em seus repositórios os programas (Sistema>Administração>Gerenciador de Pacotes Synaptic).

Até a próxima.

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