Para alinhamento de sequências de DNA e proteínas:
ClustalW2 e ClustalX2
O programa ClustalW2 realiza alinhamento par a par e múltiplo de sequências de DNA e proteínas. O ClustalX2 é apenas a interface gráfica do ClustalW2. Permite vários formatos de saída incluindo o formato NEXUS, Phylip, Aln (padrão), FASTA etc. A versão disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10 são antigos e preferi instalar através de pacotes baixados direto do site.
Para edição das sequências de DNA e proteínas:
BioEdit (rodando via Wine) – É um pacote de programas (reunião de vários programas em uma única interface) que permite realizar alinhamento par-a-par (pairwise) ou múltiplo, edição das sequências, desenho de primers (oligonucleotídeos iniciadores), complemento reverso, dentre várias outras funções. Estou utilizando o mesmo principalmente para edição. Uma opção para esse programa no Linux é o pacote SeaView (disponível nos respositórios do Ubuntu 9.10).
Para Análise Filogenética:
Phylip 3.05 – Pacote de programas que realiza análises filogenéticas utilizando métodos baseados em distância, Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança. Não possui interface gráfica, mas é muito intuitivo. Essa versão está disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10.
PAUP* 4.10b (via Wine) – Programa muito utilizado para análises filogenéticas. É um programa pago (em torno de 100 dólares). Tem dezenas de opções. Possui um interface gráfica, mas praticamente todos as funções são realizadas via linha de comando ou automatizado via o PAUP Block (bloco dentro do arquivo Nexus). Funcionou sem problemas via Wine.
MEGA 4.1 (via Wine) – Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Pacote de programas que realiza diversas funções desde alinhamento, edição até análise filogenética utilizando métodos baseados em distância e Máxima Parcimônia.
Para Genética de Populações:
GenePop – Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.
Para análise de polimorfismos de DNA e proteínas (diversidade genética):
DnaSP5 (via Wine) - Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.
Arlequin 3.1 (via Wine) - Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.
Para visualização de árvores filogenéticas:
TreeView – Não há muito o que se dizer sobre esse programa. Visualiza árvores filogenéticas produzidas por diversos programas. Permite salvar a árvore como figura .svg. Disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10.
Os links para os sites de cada programa foram verificados até a data dessa postagem. Lembrando que os usuários do Ubuntu devem procurar primeiro em seus repositórios os programas (Sistema>Administração>Gerenciador de Pacotes Synaptic).
Até a próxima.
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