Deixo aqui os links para 2 bons artigos que encontrei – Um guia sobre programas de análises genéticas e o outro uma revisão sobre genética de populações:
*Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide
*Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting FST
Boa Leitura!
O armazenamento de informações, serviços, programas, entre outros, na internet é uma tendência que é chamada de “Computação nas Nuvens” (Cloud Computing). No Ubuntu, por exemplo, o serviço UbuntuOne oferece 2Gb de armazenamento bastando somente colocar os arquivos que você deseja armazenar na “nuvem” dentro do diretório (pasta) UbuntuOne.
Mas pra quem não tem Ubuntu ou precisa de mais espaço existem os serviços de armazenamento de arquivos na internet, ou HDs virtuais, que são ótimas alternativas de backup de arquivos. Além de permitir que você possa acessar seus arquivos de qualquer computador com internet (para mim a sua melhor função). Existem serviços pagos e grátis. Vou me ater aos serviços grátis.
Entre os principais estão:
4Shared que oferece 10Gb e é muito prático, ainda mais se você tiver uma conta da Google é personalizável com temas e opções de compartilhamento;
Gmail Drive é um programa experimental que utiliza o serviço Gmail para armazenar dados. Não é um serviço oficial da Google. Isso parece mais um jeitinho brasileiro; (Como esse programa só está disponível para Windows não testei, mas se alguém que usou/usa quiser dar opinião, estejam à vontade);
ADrive oferece 50Gb. Pertence a uma empresa que vende esse tipo de serviço a empresas ou outras intituições que necessitem. Mas oferece esses 50Gb grátis como forma de atrair novos clientes;
SkyDrive oferece 25 Gb, é um serviço da Microsoft e você pode usar sua conta do MSN para criar a conta, pareceu bastante intuitivo;
Estas foram as opções que encontrei em uma busca rápida. Estou usando o 4Shared e o ADrive, serão a partir deles que pretendo compartilhar artigos, tutorias, apresentações, manuais etc postados aqui.
Como teste vamos abrir o artigo CHARACTER POLARITY AND THE ROOTING OF CLADOGRAMS. Ele está armazenado no 4Shared.
Até a próxima dica.
Esse poderia ser um título de um poema “científico” (ou um de “poema” científico), no entanto, provavelmente é o que ocorre com pessoas que precisam ler muitos artigos ou outro tipo de informações. Artigos impressos jogados em todos os lugares, anotações perdidas, artigos em várias replicatas no computador (enchendo seu HD) e que você não sabe como organizar.
Então essa dica é para ajudar as pessoas com seus artigos ao vento. Bem, estou falando de um gerenciador de bibliografias chamado MendeleyDesktop (www.mendeley.com).
Dentre as principais funções do MendeleyDesktop estão:
Reconhecimento automático de artigos em .pdf quando colocado em uma pasta pré-estabelecida;
Recolhimento de informações bibliográficas sobre o artigo na internet, ou seja, você não precisa ficar procurando e preenchendo manualmente as informações;
Ele possui uma extensão (plugin) que permite que você insira citações no seu trabalho e com um simples clique de botão TODA sua referência bibliográfica seja criada onde você queira, mas desde já aviso que o plugin funciona melhor com o OpenOffice/BrOffice do que no MSWord (a menos que você tenha a versão em inglês, aí funciona bem);
Esse programa está disponível para Windows, Mac e Linux. Para o Windows é só baixar o executável (.exe), par Linux existe a opção de baixar o source ou adicionar ao repositório dos Linux Debian-like (Ubuntu, por exemplo). A instalação do plugin é mais fácil ainda: é só ir em Tools>Install OpenOffice plugin (ou Tools>Install MSWord plugin para o MSWord).
Uma dica é colocar todos seus artigos em um única pasta e marcá-la para que o programa procure por novos pdfs adicionados, assim você evitará duplicatas desnecessárias em seu computador. O programa coletará informações bibliográficas na internet sobre esses pdfs e facilitará assim nossas vidas.
Para instalação no Ubuntu escrevi um artigo para o Viva O Linux (www.vivaolinux.com.br). Para acessar o arquivo clique aqui!
Espero que ajude vocês assim como me ajudou!
Atualmente, a análise filogenética tem muitas aplicações, além da sua aplicação clássica em Taxonomia, uma vez que nosso conceito atual é de que a taxonomia deve refletir a relação evolutiva das espécies (estudada pela Sistemática). Um exemplo de nova aplicação é como a análise filogenética pode auxiliar em áreas como a saúde, onde se pode relacionar alterações fenotípicas de um patógeno a um quadro clínico de um paciente e assim usar determinadas alterações como marcadores de virulência (agressividade) na tentativa de prever e, assim, poder evitar epidemias de formas graves da doença causada por esse patógeno.
O exemplo abaixo é um roteiro para análise, ou seja, não se resume só a isso:
Após minhas sequências estarem prontas (examinadas em busca de erros de sequenciamento e feito contig), fiz download de sequências do mesmo organismo de estudo a partir do GenBank;
Antes de realizarmos a análise filogenética em si, necessitamos determinar a posição correta das bases nucleotídicas dentro do genoma, ou melhor, estabelecemos uma hipótese de homologia de caracteres (nesse caso, os nucleotídeos) através do alinhamento das sequências;
Após o alinhamento, devemos editar as sequências para que as mesmas contenham um bloco mais ou menos uniforme (sem lacunas – gaps) e de mesmo tamanho;
Nesse ponto devemos escolher um método para reconstruir essa história evolutiva (filogenia). Existem várias classificações, mas todas se referem a métodos de distância genética, parcimônia, máxima verossimilhança e estatística bayesiana;
A confiabilidade dos resultados, ou seja, de uma árvore filogenética (dendrograma) deve ser calculada por um método estatístico de suporte de ramos. O mais conhecido é o bootstrap que faz reamostragem com resposição a partir da nossa amostragem de sequências original;
Depois disso temos o dendrograma, na forma de cladograma ou filograma, e então é tirarmos quantas conclusões forem possíveis a partir disso e publicarmos em uma boa revista científica!
Pretendo detalhar esses passos tanto do ponto de vista teórico (para que serve e qual o embasamento científico para isso) quanto prático (que programas uso e quais os passos).
