MEGA 5.0

Vem aí o MEGA 5.0!

As versões beta estão disponíveis para Windows e Mac. Em breve, estarão disponíveis as versões beta para Linux e MS-DOS. A grande novidade dessa versão é a possibilidade de reconstruir filogenias com o método da Máxima Verossimilhança entre outras novidades relacionadas.

O MEGA têm ganhado terreno em publicações mais recentes. Por isso vale a pena testá-lo e compará-lo com os programas tradicionais que geralmente são mais lentos que este software.

Aí fica a dica!

Intervalo para a Dissertação

Esse mês estou terminando minha dissertação. Assim que terminá-la voltarei a me dedicar ao blog.

Abraços.

Guia de programas e revisão sobre genética de populações

Deixo aqui os links para 2 bons artigos que encontrei – Um guia sobre programas de análises genéticas e o outro uma revisão sobre genética de populações:

*Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide

*Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting FST

Boa Leitura!

Resumo e Lista de Programas de Análises Genéticas

Esta é uma lista de programas de análises genéticas que estou utilizando ou testando. Pretendo, espero que em breve, fazer uma análise maior de cada programa quando explicar os principais passos de utilização dos mesmos. Tenho dado preferências aos programas nativos para Linux, que na sua maioria são multiplataforma, ou seja, rodam em Linux, Windows e Mac. Utilizo também programas que são escritos apenas para Windows, mas rodam bem no Wine que é um interpretador (não é um emulador) de programas para executáveis do Windows. Uma vantagem interessante do Linux sobre o Windows é o fato de se economizar memória RAM e processador durante as análises rodando-as apenas pelo Shell, sem modo gráfico, o que representa redução do tempo total de análise. Claro que os programas rodando via Wine não poderão ser utilizados dessa maneira. Os programas utilizados são:

Para alinhamento de sequências de DNA e proteínas:

ClustalW2 e ClustalX2

O programa ClustalW2 realiza alinhamento par a par e múltiplo de sequências de DNA e proteínas. O ClustalX2 é apenas a interface gráfica do ClustalW2. Permite vários formatos de saída incluindo o formato NEXUS, Phylip, Aln (padrão), FASTA etc. A versão disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10 são antigos e preferi instalar através de pacotes baixados direto do site.


Para edição das sequências de DNA e proteínas:

BioEdit (rodando via Wine) – É um pacote de programas (reunião de vários programas em uma única interface) que permite realizar alinhamento par-a-par (pairwise) ou múltiplo, edição das sequências, desenho de primers (oligonucleotídeos iniciadores), complemento reverso, dentre várias outras funções. Estou utilizando o mesmo principalmente para edição. Uma opção para esse programa no Linux é o pacote SeaView (disponível nos respositórios do Ubuntu 9.10).

Para Análise Filogenética:

Phylip 3.05 – Pacote de programas que realiza análises filogenéticas utilizando métodos baseados em distância, Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança. Não possui interface gráfica, mas é muito intuitivo. Essa versão está disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10.

PAUP* 4.10b (via Wine) – Programa muito utilizado para análises filogenéticas. É um programa pago (em torno de 100 dólares). Tem dezenas de opções. Possui um interface gráfica, mas praticamente todos as funções são realizadas via linha de comando ou automatizado via o PAUP Block (bloco dentro do arquivo Nexus). Funcionou sem problemas via Wine.

MEGA 4.1 (via Wine) – Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Pacote de programas que realiza diversas funções desde alinhamento, edição até análise filogenética utilizando métodos baseados em distância e Máxima Parcimônia.

Para Genética de Populações:

GenePop – Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.

Para análise de polimorfismos de DNA e proteínas (diversidade genética):

DnaSP5 (via Wine) - Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.

Arlequin 3.1 (via Wine) - Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.


Para visualização de árvores filogenéticas:

TreeView – Não há muito o que se dizer sobre esse programa. Visualiza árvores filogenéticas produzidas por diversos programas. Permite salvar a árvore como figura .svg. Disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10.

Os links para os sites de cada programa foram verificados até a data dessa postagem. Lembrando que os usuários do Ubuntu devem procurar primeiro em seus repositórios os programas (Sistema>Administração>Gerenciador de Pacotes Synaptic).

Até a próxima.

HD virtual

O armazenamento de informações, serviços, programas, entre outros, na internet é uma tendência que é chamada de “Computação nas Nuvens” (Cloud Computing). No Ubuntu, por exemplo, o serviço UbuntuOne oferece 2Gb de armazenamento bastando somente colocar os arquivos que você deseja armazenar na “nuvem” dentro do diretório (pasta) UbuntuOne.

Mas pra quem não tem Ubuntu ou precisa de mais espaço existem os serviços de armazenamento de arquivos na internet, ou HDs virtuais, que são ótimas alternativas de backup de arquivos. Além de permitir que você possa acessar seus arquivos de qualquer computador com internet (para mim a sua melhor função). Existem serviços pagos e grátis. Vou me ater aos serviços grátis.

Entre os principais estão:

• 4Shared que oferece 10Gb e é muito prático, ainda mais se você tiver uma conta da Google é personalizável com temas e opções de compartilhamento;

• Gmail Drive é um programa experimental que utiliza o serviço Gmail para armazenar dados. Não é um serviço oficial da Google. Isso parece mais um jeitinho brasileiro; (Como esse programa só está disponível para Windows não testei, mas se alguém que usou/usa quiser dar opinião, estejam à vontade);

• ADrive oferece 50Gb. Pertence a uma empresa que vende esse tipo de serviço a empresas ou outras intituições que necessitem. Mas oferece esses 50Gb grátis como forma de atrair novos clientes;

• SkyDrive oferece 25 Gb, é um serviço da Microsoft e você pode usar sua conta do MSN para criar a conta, pareceu bastante intuitivo;

Estas foram as opções que encontrei em uma busca rápida. Estou usando o 4Shared e o ADrive, serão a partir deles que pretendo compartilhar artigos, tutorias, apresentações, manuais etc postados aqui.

Como teste vamos abrir o artigo CHARACTER POLARITY AND THE ROOTING OF CLADOGRAMS. Ele está armazenado no 4Shared.

Até a próxima dica.

MendeleyDesktop Screenshots

Estes são screenshots do MendeleyDesktop funcionando no Ubuntu 9.10:

Artigos ao vento

Esse poderia ser um título de um poema “científico” (ou um de “poema” científico), no entanto, provavelmente é o que ocorre com pessoas que precisam ler muitos artigos ou outro tipo de informações. Artigos impressos jogados em todos os lugares, anotações perdidas, artigos em várias replicatas no computador (enchendo seu HD) e que você não sabe como organizar.

Então essa dica é para ajudar as pessoas com seus artigos ao vento. Bem, estou falando de um gerenciador de bibliografias chamado MendeleyDesktop (www.mendeley.com).

Dentre as principais funções do MendeleyDesktop estão:

• Reconhecimento automático de artigos em .pdf quando colocado em uma pasta pré-estabelecida;

• Recolhimento de informações bibliográficas sobre o artigo na internet, ou seja, você não precisa ficar procurando e preenchendo manualmente as informações;

• Ele possui uma extensão (plugin) que permite que você insira citações no seu trabalho e com um simples clique de botão TODA sua referência bibliográfica seja criada onde você queira, mas desde já aviso que o plugin funciona melhor com o OpenOffice/BrOffice do que no MSWord (a menos que você tenha a versão em inglês, aí funciona bem);

• Você pode visualizar seus pdfs no próprio programa e ainda fazer anotações nesse pdf;

• Você pode gerenciar suas bibliografias via internet (é só criar sua conta de acesso);

Esse programa está disponível para Windows, Mac e Linux. Para o Windows é só baixar o executável (.exe), par Linux existe a opção de baixar o source ou adicionar ao repositório dos Linux Debian-like (Ubuntu, por exemplo). A instalação do plugin é mais fácil ainda: é só ir em Tools>Install OpenOffice plugin (ou Tools>Install MSWord plugin para o MSWord).

Uma dica é colocar todos seus artigos em um única pasta e marcá-la para que o programa procure por novos pdfs adicionados, assim você evitará duplicatas desnecessárias em seu computador. O programa coletará informações bibliográficas na internet sobre esses pdfs e facilitará assim nossas vidas.

Para instalação no Ubuntu escrevi um artigo para o Viva O Linux (www.vivaolinux.com.br). Para acessar o arquivo clique aqui!

Espero que ajude vocês assim como me ajudou!