segunda-feira, 4 de abril de 2011

Adicionando Sequências de DNA ao GenBank


A maioria das revistas científicas exigem que ao submeter um artigo para ser publicado as sequências de DNA que foram analisadas no trabalho estejam depositadas em algum banco público de sequências e o mais famoso deles é o GenBank.
Para submeter as sequências você poderá usar duas ferramentas o BankIt ou o Sequin. O primeiro é online e o segundo é um programa instalável no PC. A escolha fica a cargo de quanta informação você incluirá na sua submissão, se houver muitas anotação genômica a melhor ferramenta é o Sequin, do contrário, o BankIt.
As sequências deverão estar no formato FASTA e sem "gaps". As sequências poderão ser adicionadas em um único arquivo FASTA se possuírem as mesmas informações, ou seja, mesmo gene, fonte, ano etc. Se não deverão ser submetidas separadamente.
É necessário ter em mãos a sequências dos primers que foram utilizados para obter as sequências, posição da sequência na genoma, sequência da proteína codificada, se for o caso, etc.

Qualquer dúvida deixem nos comentários!

Até a próxima.


2 comentários:

  1. Olá!Como converter o arquivo .txt para FASTA?

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    Respostas
    1. Oi Mayan, você pode simplismente mudar a extensão do arquivo renomeando ele, por exemplo se o nome do arquivo for: "sequencia.txt" você modifica a extensão ".txt" para ".fas" ficando assim: "sequencia.fas".

      Espero ter ajudado

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