Curso Internacional de Genética da Conservação

Divulgação!!!!!!! 

O site oficial é: http://www.procarnivoros.org.br/2009/cursos1.asp?noticia=143


Curso Internacional de Genética da Conservação



Recent Advances in Conservation Genetics 2011 - Pantanal
(ConGen 2011 - Pantanal)
Data: 3 a 11 de setembro de 2011.
Local: Pousada Aguapé, Aquidauana, Pantanal Sul, Brasil.
(http://www.aguape.com.br)
Vagas: 30.
Ficha de Inscrição: Obtenha aqui!
Contatos:  (11) 4411-6966  ou procarnivoros@procarnivoros.org.br
Público Alvo:
Alunos de pós-graduação, pós-doutorandos, professores e profissionais atuando na área de genética da conservação, ou interessados em atuar na mesma.
Realização: Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular - PUCRS
Instituto para a Conservação dos Carnívoros Neotropicais - Pró-Carnívoros
American Genetic Association
Apoio:
Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular - UFRGS
GENEIOUS – software for genetic analyses
Coordenação:Dr. Eduardo Eizirik – PPGBCM - PUCRS e Instituto Pró-Carnívoros
Dr. Stephen J. O Brien – Laboratory of Genomic Diversity, NCI, NIH
Docentes Internacionais Confirmados:
Dr. Stephen J. O Brien – Laboratory of Genomic Diversity, NCI, NIH, USA
Dr. Robert K. Wayne – University of California, Los Angeles, USA
Dr. C. Scott Baker – Oregon State University, USA
Dr. Oliver Ryder – San Diego Zoo Institute for Conservation Research, USA
Dr. Brian Bowen – University of Hawaii, USA
Dr. Harris Lewin – Institute for Genomic Biology, University of Illinois, USA
Dr. Warren Johnson – Laboratory of Genomic Diversity, NCI, NIH, USA
Dr. Klaus-Peter Koepfli – Laboratory of Genomic Diversity, NCI, NIH, USA
Docentes Brasileiros Confirmados:
Dr. Eduardo Eizirik – PUCRS e Instituto Pró-Carnívoros
Dr. Fabrício R. Santos – UFMG
Dra. Cristina Y. Miyaki – USP
Dr. João Alexandrino - UNIFESP
Dra. Larissa R. Oliveira - UNISINOS
Dra. Loreta B. Freitas – UFRGS
Dr. Nelson J. R. Fagundes – UFRGS
Dr. Pedro M. Galetti – UFSCar
Dr. Rodrigo Torres – UFPE
Dr. Sandro L. Bonatto – PUCRS
Dr. Thales R. O. Freitas - UFRGS
Carga horária: 50h

Adicionando Sequências de DNA ao GenBank

A maioria das revistas científicas exigem que ao submeter um artigo para ser publicado as sequências de DNA que foram analisadas no trabalho estejam depositadas em algum banco público de sequências e o mais famoso deles é o GenBank.
Para submeter as sequências você poderá usar duas ferramentas o BankIt ou o Sequin. O primeiro é online e o segundo é um programa instalável no PC. A escolha fica a cargo de quanta informação você incluirá na sua submissão, se houver muitas anotação genômica a melhor ferramenta é o Sequin, do contrário, o BankIt.
As sequências deverão estar no formato FASTA e sem "gaps". As sequências poderão ser adicionadas em um único arquivo FASTA se possuírem as mesmas informações, ou seja, mesmo gene, fonte, ano etc. Se não deverão ser submetidas separadamente.
É necessário ter em mãos a sequências dos primers que foram utilizados para obter as sequências, posição da sequência na genoma, sequência da proteína codificada, se for o caso, etc.

Qualquer dúvida deixem nos comentários!

Até a próxima.

MEGA 5.0 - Versão Final

O programa MEGA 5 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) já tem seu release final.

Como expliquei em um post anterior uma das principais mudanças se referem à implementação do método de máxima verossimilhança para análise filogenética.

Espero que seja útil para vocês como é para mim!

MEGA 5.0

Vem aí o MEGA 5.0!

As versões beta estão disponíveis para Windows e Mac. Em breve, estarão disponíveis as versões beta para Linux e MS-DOS. A grande novidade dessa versão é a possibilidade de reconstruir filogenias com o método da Máxima Verossimilhança entre outras novidades relacionadas.

O MEGA têm ganhado terreno em publicações mais recentes. Por isso vale a pena testá-lo e compará-lo com os programas tradicionais que geralmente são mais lentos que este software.

Aí fica a dica!

Intervalo para a Dissertação

Esse mês estou terminando minha dissertação. Assim que terminá-la voltarei a me dedicar ao blog.

Abraços.

Guia de programas e revisão sobre genética de populações

Deixo aqui os links para 2 bons artigos que encontrei – Um guia sobre programas de análises genéticas e o outro uma revisão sobre genética de populações:

*Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide

*Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting FST

Boa Leitura!

Resumo e Lista de Programas de Análises Genéticas

Esta é uma lista de programas de análises genéticas que estou utilizando ou testando. Pretendo, espero que em breve, fazer uma análise maior de cada programa quando explicar os principais passos de utilização dos mesmos. Tenho dado preferências aos programas nativos para Linux, que na sua maioria são multiplataforma, ou seja, rodam em Linux, Windows e Mac. Utilizo também programas que são escritos apenas para Windows, mas rodam bem no Wine que é um interpretador (não é um emulador) de programas para executáveis do Windows. Uma vantagem interessante do Linux sobre o Windows é o fato de se economizar memória RAM e processador durante as análises rodando-as apenas pelo Shell, sem modo gráfico, o que representa redução do tempo total de análise. Claro que os programas rodando via Wine não poderão ser utilizados dessa maneira. Os programas utilizados são:

Para alinhamento de sequências de DNA e proteínas:

ClustalW2 e ClustalX2

O programa ClustalW2 realiza alinhamento par a par e múltiplo de sequências de DNA e proteínas. O ClustalX2 é apenas a interface gráfica do ClustalW2. Permite vários formatos de saída incluindo o formato NEXUS, Phylip, Aln (padrão), FASTA etc. A versão disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10 são antigos e preferi instalar através de pacotes baixados direto do site.


Para edição das sequências de DNA e proteínas:

BioEdit (rodando via Wine) – É um pacote de programas (reunião de vários programas em uma única interface) que permite realizar alinhamento par-a-par (pairwise) ou múltiplo, edição das sequências, desenho de primers (oligonucleotídeos iniciadores), complemento reverso, dentre várias outras funções. Estou utilizando o mesmo principalmente para edição. Uma opção para esse programa no Linux é o pacote SeaView (disponível nos respositórios do Ubuntu 9.10).

Para Análise Filogenética:

Phylip 3.05 – Pacote de programas que realiza análises filogenéticas utilizando métodos baseados em distância, Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança. Não possui interface gráfica, mas é muito intuitivo. Essa versão está disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10.

PAUP* 4.10b (via Wine) – Programa muito utilizado para análises filogenéticas. É um programa pago (em torno de 100 dólares). Tem dezenas de opções. Possui um interface gráfica, mas praticamente todos as funções são realizadas via linha de comando ou automatizado via o PAUP Block (bloco dentro do arquivo Nexus). Funcionou sem problemas via Wine.

MEGA 4.1 (via Wine) – Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Pacote de programas que realiza diversas funções desde alinhamento, edição até análise filogenética utilizando métodos baseados em distância e Máxima Parcimônia.

Para Genética de Populações:

GenePop – Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.

Para análise de polimorfismos de DNA e proteínas (diversidade genética):

DnaSP5 (via Wine) - Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.

Arlequin 3.1 (via Wine) - Ainda não o utilizei, mas está instalado sem problemas no Ubuntu 9.10.


Para visualização de árvores filogenéticas:

TreeView – Não há muito o que se dizer sobre esse programa. Visualiza árvores filogenéticas produzidas por diversos programas. Permite salvar a árvore como figura .svg. Disponível nos repositórios do Ubuntu 9.10.

Os links para os sites de cada programa foram verificados até a data dessa postagem. Lembrando que os usuários do Ubuntu devem procurar primeiro em seus repositórios os programas (Sistema>Administração>Gerenciador de Pacotes Synaptic).

Até a próxima.